L’attuale territorio è abitato dal 50.000 a.C., è coltivato dal 5.000 a.C. e conosce l’uso del ferro dal 500 a.C.
Dal IX secolo d.C. controllano successivamente il paese, o alcune sue parti, l‘impero del Ghana, il regno Soninke dei Soso, l’impero del Mali (XIII-fine XVI sec.) e l‘impero Songhai (VII-fine XVI sec.)
In questo periodo Tombouctou, Djenne, Segou, Mopti e Gao, grazie al controllo esercitato sul commercio transahariano dell’oro, del sale, degli schiavi e dei prodotti provenienti dall’area del Mediterraneo, raggiungono un notevole grado di sviluppo economico, culturale, religioso ed artistico. I sultani del Marocco conquistano il paese alla fine del 1500 sostituiti dai francesi nel 1894. Resterà colonia francese fino al 1958 con il nome di Sudan occidentale.
Il 23 settembre 1960 é proclamata la Repubblica del Mali dopo il fallimento del tentativo di formare una federazione con il Senegal, il Burkina Faso e il Benin.
Il primo presidente é Modibo Keita, che segue una politica estera di non allineamento e che in campo economico attua un modello socialista che però non dà buoni risultati; deposto nel 1968 da un colpo di stato militare, morirà in carcere.
Il generale Moussa Traoré assume il potere, governando con metodi dittatoriali fino al marzo 1991 quando numerose manifestazioni popolari, represse con molti morti e feriti, spingono il generale Amadou Toumani Toure a deporlo, sostituirlo ed indire elezioni democratiche e multipartitiche che si svolgono l’anno successivo.
Alpha Oumar Konaré vince le elezioni del giugno 1992 ed anche quelle del 1997. Attua una politica di democratizzazione, di decentramento amministrativo e di liberalizzazione economica. Alla fine del suo mandato, nel 2002, viene eletto l’ex generale Amadou Toumani Touré, attuale presidente della Repubblica del Mali.